Это не ошибка, это особенность не зависящая от прошивки, при отсутствии программы в оперативной памяти засветка светодиодов на 5, 31, 32 входах очень слабая при наличии сигнала. При наличии даже пустой программы в ОЗУ (т.е. не обязательно записывать программу во flash, достаточно подключиться с загрузкой из среды программирования) и программная обработка и засветка светодиодов по указанным входам производится корректно.