"Соединить" термопары можно. Сделать это можно через вкладку "Вычислители".
Насколько я понял из описания, график нагрева будет иметь вид как на рис.1
Пример настроек под этот алгоритм в архиве. Настройка программы технолога подразумевает использование только одного вычислителя (например среднее от двух датчиков).