В общем проанализировали Вашу программу, как и предположил Владимир Ситников, все дело в обратных связях. Получается при использовании в схеме SEL идет изменение последовательности обсчета блоков. Дело не в самом блоке SEL, а в связи от RTRIG к нему. На данный момент можно попробовать расставить самостоятельно явные обратные связи и задать порядок их выполнения. При создании схемы нужно понимать где обратные связи использовать, иначе компилятор сам их расставит. В общем как-то так.