Кстати, в основной программе правильно обрабатываете энкодер?
Покажете код? Ну, должно же быть преобразование из WORD'ов (которые получаются из fast encoder) в DWORD или что-то такое на стороне CoDeSys.
Может, "пропуск" из-за того, что в основной программе какая-нибудь ошибка и просто неправильно складываются показания из fast encoder'а?
В целом, попробуйте https://hardella.com/docs/pru/examples/fast-encoder/
Как-никак, будет хоть какой-то альтернативный способ посмотреть на проблему.