В случае загрузки проекта с накопителя - возможно, была ошибка в расположении файлов проекта (не создали папку app, а просто положили их в корневой раздел) или использовали неподходящий накопитель (нужен FAT, MBR, не более 32 Гб, один раздел).
В случае загрузки через кабель - в некоторых случаях действительно следует перезагрузить контроллер по питанию перед первой загрузкой проекта (например, после перепрошивки).
Передам пожелание разработчикам.