Не знаю, что именно вы поправили, но сейчас вылезли следующие ошибки при изменении экземляра:
1. Происходит критическая ошибка после наследования;
2. Не наследуются некоторые связи на входах C# скрипта;
3. Не сохраняется порядок элементов в дереве объектов для C# скрипта;
4. Не сохраняется порядок элементов в параметрах C# скрипта.
Как обычно все файлы прилагаю. Сборка 3.9.1.2253 18Jan26(Demo)_18_01_26_02_00
p.s. огромная просьба протестировать все получше перед выкатыванием сборки, на продолжение этого beta-теста уже нет времени.