У вас энкодер, который мерит угол сгиба на каком валу сидит. Цена одного импульса этого энкодера (град/имп) какая ?
40 мс - это фантастика. Вы его сами установили ? Вашу программу этот ПЛК легко за 1 мс выполнит.
Время цикла 1 мс означает, что за 1 секунду программы выполнится 1000 раз.
Плохо что ваш ПЛК имеет релейные, а не транзисторные выходы.
Еще раз спрашиваю, каким образом управляется ПЧВ (RS-485, дискретные входы) ?