Добрый день. Частота входного фильтра означает то что ВЫШЕ этой частоты счётчик не воспринимает. Соответственно, если Вы частоту уменьшите в 2 раза, то сделаете ещё хуже. У Вас будет считать только каждый четвёртый импульс.
Этот фильтр обычно применяют при работе с ручными кнопками, чтобы избежать ложных срабатываний при нажатии оператором, особенно по понедельникам и после праздников.
Ещё раз осмелюсь повторить - НАСТРОЙКАМИ Вы здесь больше ничего не добьётесь.

Кстати Вы так и не ответили, каким образом получили начальное значение количества импульсов. Наливали медленно вручную?
С уважением.