Делаю это с помощью основной программы-переключателя, на которой висит ввод-вывод и аварийные события.
Программы "автомат" "ручной" организуются в виде отдельных POU, вызываемых по событию.
При таком написании нужно воздержаться от применения таймеров типа TOF (они "замораживаются" при отсутствии вызовов программы).