Там приведена цитата из оригинальной документации: "The trace configuration and the contents of the trace buffer are saved persistently to a file on the target system."
Сложно прокомментировать, как именно это работает (видно, что конфигурация трассировки действительно сохраняется в виде файла в момент старта контроллера, а насчет буфера неясно), но, во-первых, никто не принуждает устанавливать эту галочку, во-вторых - по опыту с трассирровкой никогда проблем не было - после перезагрузки ее содержимое очищалось (как и задумано) и график начинал строиться с самого начала.