Я думаю, в данной ситуации самый простой вариант - организовать синхронизацию из CODESYS по мотивам выложенного выше примера.
NTP-клиент из web-конфигуратора тоже, конечно, должно работать - я еще раз попрошу, чтобы его протестировали на данной прошивке (но вообще - такой функционал у нас тестируется к каждой сборке).