1 можно самому следить в программе за превышением таймаута и подавать разрешение на следующий шаг, не забывая оповестить о наличии ошибки
2 работа с битами по любому протоколу модбас имеет свои стандартные функции, у Вас либо эти функции не реализованы либо неправильные настройки в СКАДА-е