Ну, да. В этом есть какая-то проблема?
Вы не понимаете смысл слова интерпретатор. Прошивка ПР выполняет IL команды непосредственно. Грубо говоря, в прошивке заложено то, какие машинные команды соответствуют каждой IL команде. Поэтому "формировать машинные коды" из IL программы уж точно не нужно. В ПР передаётся непосредственно IL, и оно как-то выполняет. Как именно -- мне не так интересно, и этот момент я не предлагаю менять.