Подобные проблемы до недавнего времени были у многих пользователей CODESYS.
Теперь есть простое решение - Архив репозитория.
Когда 3S выпускает новую версию CODESYS, то она внутри себя несет только новую версию самого CDS и новые версии библиотек и девайсов (под девайсами имеются ввиду как сами таргеты устройст, так и всевозможные шины модбас, профибас и т.д.).
Поэтому когда пользователь устанавливает последнюю версию CODESYS, то при открытии проектов более ранних версий начинаются проблемы с версиями библиотек. Их попросту нет в системе.
Теперь при выходе каждого СервисПака 3S бидет готовить репозиторий, который будет содержать в себе архив всех предыдущих версий библиотек.
Этот репозиторий вместе с кодесис мы будем выкладывать на нашем сайте в разделе CODESYS V3:
Сейчас доступен репозиторий для CODESYS 3.5 SP3.
http://www.owen.ru/catalog/25605006