Да, вполне себе влезаю в диапазон до 65535. Скорее всего так и буду делать. Данный пример использовал для теста работы. Но хотелось бы, перед критикой данной обработки, обратить внимание на следующий момент. Даже если уйти от всех программных подсчетов импульсов и работать сугубо с входом модуля энкодера(вводил отдельную переменную, в которую писал текущее значение энкодера при индексировании) имеем абсолютно идентичную картину. Для примера: уставки 100 и 200, значения на входе "Fast Encoder" примерно 98 и 203, "объект" физически перемещается +/- также 98-203. Проходит 30-50 циклов работы. Картина следующая: уставки 100-200 (разумеется не менялись), значения на входе "Fast Encoder" 98-203, "объект" физически катается ~65-175. Потому и задумался в первую очередь о люфте механики...

Скорее всего я что-то пропускаю, но люфт ведь, как правило, будет обоюдный. В обе стороны. А на деле постепенно смещаемся вниз, и все тут.