Контроллер это не ПК. Тут мышление при программировании должно работать по-другому. Программу надо оптимизировать. Надо стараться не тормозить работу контроллера циклами, а наоборот разносить код по разным циклам, чтобы время цикла контроллера было по возможности минимальным.
В плане оптимизации вы конечно правы. Но есть огромная куча примеров, когда обязательно нужен вложенный цикл. Чаще всего он прост и до тормозов ему далеко, но без него не обойтись. Чтобы не "квакать" бестолку, вот простой пример, "от балды":

Допустим есть входная целочисленная переменная, и есть массив целочисленных элементов. Нам надо узнать количество элементов в этом массиве, которые больше этой входной переменной. И найденное их количество уже используется в следующих шагах программы, и требуется оно в каждом цикле ПЛК. Без цикла FOR-NEXT не обойтись. Как сами понимаете, примеры могут быть самые разные, и возникают они очень часто.