Посмотрите на всем знакомый WinRar вместо батника. При создании в нем самораспаковывающегося (SFX) архива можно создать сценарий для установки, в том числе и создание путей установки, папки в меню программ с заданным содержимым, ярлыков на рабочем столе, запускать заданную программу после установки.
http://nersoft.net/116-sozdaem-sfx-arhiv.html