Судя по тому, что использовать цикл менее 1мс не рекомендуют (со словами "отвалится ethernet и много чего ещё"), то варианта 2:
1) Присоединяться к
клубу любителей PRU программирования. У быстрых выходов обещают время реакции 0.02мс, что в 100 раз точнее необходимого вам.
2) Понижать скорость.
3) Использовать стохастическое управление: подавать в программе отключающий сигнал "чуть раньше", чтобы в реальности он происходил "тогда, когда нужно" с учётом задержек транзистора реального ПЛК. По РЭ обещают, что не больше 5мс, и думаю, задержка срабатывания конкретного выхода конкретного экземпляра ПЛК должна быть более-менее стабильной.