Похоже, что Вы смешиваете упрощенный SFC и МЭК вариант. В упрощенном SFC в отладчике выделяются только шаги (больше то ничего и нет). Входные/выходные действия вызываются и в пошаговом режиме, но никаких 'полей' не выделяется.
В МЭК SFC есть действия выделяются синим. Однако, в МЭК SFC обычно не используют входные/выходные действия из упрощенного SFC…
При 'нормальном' выполнении некоторые действия проскакивают быстро и промежуточных результатов вычислений просто не видно. При пошаговом выполнении таймеры опрашиваются соответственно с частотой 'шагания' (иначе то никак), соотв-но результаты вполне могут отличаться. Нужно аккуратно и осмысленно оценивать результаты отладки.
См. статьи "Отладка прикладных ПЛК программ в CoDeSys" части 6-8.