Единственный момент, в настройках СПК задаем 10 входных регистров и 10 выходных, адреса им нельзя назначить?
Нельзя, нумерация автоматичиски ведется с 0 и по по порядку.

Получается адреса входных и выходных регистров пересекаются.
Это не так - input и holding регистры в слэйве СПК - это разные области памяти, так что адреса регистров в них могут совпадать.