Благодарю всех, в особенности специалистов тех. поддержки ОВЕН.
Помог их совет:

- Создаём новый проект пустой (вписал туда одну строку, т.к. не позволял совсем без кода компилировать)
- Подключаемся, Codesys даёт сообщение, что проект отличается - подтверждаем. И каким-то чудом пустой проект загрузился.
- Т.к. удалось подключиться онлайн - можно сделать заводской сброс - делаем.
- После этого ПЛК пустой, можно загружать новый проект.

Таким образом мне удалось загрузить изменения, но каждый последующий раз приходилось повторять эту процедуру.
Также посоветовали проверить батарейку ПЛК, возможно села. Но т.к. найти ей замену проблематично, нужно менять, то наверное будем менять ПЛК на более современный.