Да, верно. Переменные обновляются только после вызова. Сами по себе, разумеется, не обновляются.
Т.е. такой вариант должен работать:
Код:ENCODER_AND_COUNTER_Pru0MemoryTransfer(
...
);
Enc:=ENCODER_AND_COUNTER_Pru0MemoryTransfer.PRU_ENCOER_COUNTER_Enc_Position;