Во всех системах перемещения перед прохождением контрольных точек скорость замедляется. И тогда можно отловить и 1 импульс. А на линейном участке движется с максимальной скорости и импульсы не теряются.
это не последовательный порт, погуглите чему равна длинна кадра Ethernet
В рассматриваемом случае период регулирования составляет 10...20 мс. Ни о каких 10 мкс речь не идет. Частота следования импульсов не превышает 256,23 Гц. Счетчик модуля с этой частотой легко справляется. Если бы состояние счетчика передавалось в СПК раз в 10 мс, то все бы было прекрасно.
вопрос организации модбас мастера, модуль предоставляет данные за 3 мс, проверьте ОРС сервером в логах обмена. что мешает создать отдельный таск именно на критичный кусок кода в 5 мс цикла и в нём поднять соединение на сокетах по MB_TCP - цикл отпрвили, цикл приняли, повторили не закрывая сокет, получите нужные Вам данные с дискретностью 10 мс.