Программа пользователя тут точно не причем, н
у если, конечно, из нее не организовать удаление файлов DEFAULT.PRG и DEFAULT.CHK(ну типа самоликвидатор ). Даже, если создать пустой проект, он скомпилируется и будет иметь свой размер. Кстати, из браузера ПЛК вы можете увидеть файлы log.txt, debug.txt, retain.bin? Вы можете средствами Codesys загрузить в память ПЛК простой текстовый файл и посмотрите, если после отключения питания его тоже там не окажется тогда все понятно,есть неисправность. Но надо
пробовать форматирование флеш-памяти ПЛК.