Чтобы задействовать 2 ШД нужно либо в программу для PRU0 встраивать одновременное управление двумя выходами (это сложновато, т.к. каждый выход будет пытаться работать на своей частоте, а цикл общий), либо "просто" запитать ШД1 от PRU0 и ШД2 от PRU1.
т.е. вы меняете время цикла ПРУ с каждым шагом?