2. Помимо проектов с MasterSCADA, есть куча проектов - локалок. Соответсвенно в ЗИП можно держать контроллеры с КДС, которые подойдут на любой объект.
А почему и на локалки не ставить MS?

3. ИМХО. МастерПЛК не дотягивает по функционалу по сравнению с КДС.

Так, а в чем именно не дотягивает. Можете привести примеры?