Сейчас не могу утверждать это со 100% вероятностью т.к. этот вопрос уже к разработчикам CODESYS, но мне реализация видится так:
1) Старт контроллера
2) Опрос модуля 1
3) Опрос модуля 2
4) Проверяем прошел ли цикл опроса модуля 1 если да - опрашиваем, если нет - переходим к шагу 5
5) Проверяем прошел ли цикл опроса модуля 2, если да - опрашиваем, если нет - переходим к п. 4
Поэтому очереди как таковой нету, а есть цикл опроса.