Не знаю как в ПР, но в PRU программах, которые создаёт Hardella, время выполнения не скачет. Там есть погрешность в 5-10 наносекунд, но называть это "скачет как кенгуру" явное лукавство.
Если у вас есть достаточно точный осциллограф -- можете взять и убедиться.
Вернее даже наоборот: если пользовательский код заканчивается раньше, то больше времени остаётся на служебные задачи (RS-485, экран и т.п.).