Я проверял следующую схему:
Создал пробный проект, после компиляции доступна команда Онлайн->Создание загрузочного проекта (ПЛК при этом не подключён и может отсутствовать напрочь). Компилятор генерирует файлы <имя_проекта>.CHK и <имя_проекта>.PRG в папке с проектом. Переименовываем их в DEFAULT.CHK и DEFAULT.PRG соответственно, после чего файлы копируются на ПЛК (при помощи CoDeSys или plc_io, не важно). После перезагрузки ПЛК будет выполнять новый алгоритм.
Хочу ещё отметить, что через CoDeSys далеко не всегда удаётся подключиться к ПЛК по Ethernet (чаще всего проблемы на Win7,8), а вот с plc_io сбоев не было замечено (как через COM, так и через Ethernet).