Нет, это не долго играть роли.
Единственное, что если используются MAS-Client, и скада лежит в Program DATA, то до проекта может быть очень длинный путь, и тут могут быть проблемы. Тогда да, можно перенести проект на диск С.
Первый раз переносите проект вручную (Проект - Экспортировать), а уже потом будет нормально работать синхронизация