Никаких проблем нет. С печками так и испытывали.
1) Добавляете модуль ШИМ. Привязываете его к соответствующему выходу. Настраиваете период и дл. импульса.
2) Выход ПИДа преобразуете (-100..100) преобразуете к 0..65535 и подаете на выход. Например так pwm1:=REAL_TO_WORD(MAX(y_reg1,0));
3) Описание библиотек скоро ожидается