Для правильного рассчета интегральной и дифф-ной составляющей следует вызывать оба экземпляра ПИД. Внутри каждого экземпляра хранится время последнего вызова. Если вы долго не будете вызывать один из них и потом вызовете интеграл естественно переполнится.

Таким образом если Вам нужно выдавать мощность от определенного регулятора и выдавайте ее. Другой же просто вызывается и отслеживает систему.

Настойчиво рекомендую почитать что-нибудь по PIDам.