Подразобрался малость:
1. В справке написано, что можно и в оффлайне сделать, главное что бы проект был правильно скомпилирован.
2. Сделал элементарный проект, скомпилировал, нажимаю "Создание загрузочного проекта" - CoDeSys пишет "Текущий код не соответствует загруженному. Всё равно продолжить?". Что это значит (ПЛК не подключён)?
3. Нажимаю "Да" - пишет "Созданы файлы хххх.PRG, хххх.CHK". То есть, если бы у меня был подключен ПЛК, то эти файлы прописались бы в его флэш и при перезапуске он бы продолжал работать, так?