1. Программный код в дипломе ОБЯЗАТЕЛЬНО оформляется как приложение, и закрепляется в конце диплома.
2. В CoDeSys есть возможность вывода программы на печать. Используйте не принтер, а экспорт в pdf или другие "бумажные принтеры".
Почитайте мануал по CoDeSys, раздел посвященный основному меню. В частности файл и проект.