Вообще-то, Овен заявляли, что 100 кГц энкодер они тестировали, и никаких пропусков не было.
Проверьте настройку фильтрации быстрых входов.
Некий минус в том, что я заболел (38.5) и ничего не могу делать. Из работ по 1.6.0 осталась проверка и документация (чтобы по много раз одно и то же не писать в этой теме)