Работал с PID из стандартной библиотеки (Util.lib). Для меня непонятно какие настройки выхода сбрасываются при изменении задания. По Вашему описанию складывается впечатление, что любое изменение задания для регулятора приводит к его сбросу, т.е. он становится неработоспособным. Ничего подобного не замечал, все работает правильно.