1. Как говорят программисты: лучше исходных текстов нет документации. Библиотека Util.lib написана на языке ST. Открываете, смотрите текст и комментарии. Можно прогнать отладчиком.

2. Эмулятор предназначен для отладки логики программы. Реального времени он не обеспечивает. Работает на тиках системного таймера PC. Вы пытаетесь мерить миллисекунды, а таймер тикает в 55 раз реже. Получается ерунда. Секундные интервалы в эмуляторе реальны, но не меньше.

3. Для эмуляции систем с реальным временем запускам SP RTE и с ним работаем вместо ПЛК.

4. Посмотрите исходный текст блока ПИД. Он сам измеряет время между вызовами и использует его в вычислениях. В ПЛК это будет работать.

5. Обратите внимание на блок PID_FIXCYCLE. Ему время дается на вход и можно вести симуляцию в нужном масштабе времени.