Когда Вы входите в режим Online - проект попадает в ОЗУ.
Чтобы проект не пропадал при Reset или пропадании питания - его надо сохранить в ПЗУ. Для этого когда Вы Онлайн с контроллером и надо выполнить команду: создание загрузочного проекта. При этом эти два файла и создаются, и записываются на Flash контроллера.

Надпись проект изменен говорит о том, что Вы логинитесь к контроллеру с измененной программой. На что контроллер честно спрашивает: применить обновленную программу?