Серъезное, но не запредельное кол-во. Непонятно - откуда столько ?
Для разных категорий (не думаю что их тоже 260) описать нужные фб и запустить их чтоб они сами следили и формировали запись. Если нужно сохранить цикл в пределах 1-2мс, можно разнести обработку на несколько циклов. Для данных с модулей - проверки запускать по приходу данных и т.п.
Файл-то - в родном флеше ?