В свойствах окна можно запретить его закрытие - тогда крестика не будет.
Можно добавить специальную кнопку для сворачивания. Создаете команду типа дискретный, на закладке "Действия" добавляете действие, типа Системное - Минимизировать окно проекта.
При нажатии на нее окно будет свернуто. При разворачивании среда разработки кратковременно появится, но потом скрипт опять его скроет.