Какая у вас версия прошивки и какую версию таргет файла вы используете?
Убедитесь наверняка, что проделываете следующие действия:
Когда программа уже загружена в контроллер и вы в режиме онлайн(в режиме отладки) нажмите Онлайн->Создать загрузочное приложение.