Ну в общем вышло то, что хотел))
Все сделал на базе SFX. От совсем тихой установки дистрибутивов решил отказаться.
SFX настроил по такому принципу - распаковка во временную папку, запуск дистрибутива мастерскады, запуск дистрибутива мастеропс, создания ярлыка на рабочем столе, запуск батника в котором в свое время происходит следующее: создание каталога, копирование в этот каталог проекта, копирование файла с конфигом для мастеропс и подмена файла startconfig на нужный.
Как то так.