А как решен вопрос с утилизацией быстрых дискретных входов в программе PRU для управления ШД, которые в самом ФБ не используются ?

Мне видится такие возможности их использования:
1) подключение двух энкодеров (фазы А, В без нулевой метки);
2) подключение одного энкодера (фазы А, В и нулевая метка) + один свободный вход для других нужд;
3) 4 быстрых входа для других нужд.

Во всех случаях надо предусмотреть фильтрацию входов.