Создаете ярлык для MasterSCADA, а затем в свойствах ярлыка указываете запускать MasterSCADA с параметрами - с нужным вам проектом.
Подробнее вы можете прочитать в справке. Раздел "Работа в режиме исполнения - Запуск проекта из командной строки и по ярлыку".