Зависит от требуемой частоты опроса. Если не укладываетесь на одном порту, то придется задействовать второй, а то и третий. В конфигураторе для каждого порта делаете свой мастер, верно. Только конфигуратор глуповат - там не будут группироваться запросы даже по смежным регистрам, поэтому опять же в зависимости от требуемой частоты опроса придется группировать строками или пользоваться modbus.lib