Самая частая причина такой ситуации - изменили конфигурацию в плк, нажали кнопку построить конфигурацию в модуле контроллеры, но не перезапустили остальные модули.

При нажатии на кнопку "построить конфигурацию для ВУ" модуль контроллеры обновляет хмл-файл, который используют другие модули системы. Поэтому после изменений файла конфигурации для корректной работы нужно перезапускать другие модули.

Что касается настройки связи контроллера с ВУ - никаких дополнительных настроек для передачи на сервер сбора Телемеханика Лайт делать не нужно - достаточно кнопки "построить конфиграцию" и загрузить программу в ПЛК.
Если вы используете виртуальный контроллер и опрашиваете им какое либо оборудование по ком-порту, то для опроса сервером нужно чтобы опрос в модуле контроллеры был остановлен - т.к. контроллер виртуальный, и сервер и модуль контроллеры обращаются к одному ком порту, приоритет отдается модулю контроллеры.