Panalexfix
У Вас энкодер 10000 об\мин, а нужно всего лишь 960 импульсов. Может стОит присмотреть другую модель, с меньшим разрешением?
Другой вариант.
Поскольку скачки связаны именно с вибрацией, то нужно рассмотреть возможность использования гибкой связи. Т. е. сам энкодер закреплен на невибрирующей поверхности, а вращение ему передается через гибкое соединение. Причем на стороне энкодера не должно быть легкого вращения, т. е. нужно демпфировать вращение для успокоения.
Ну и вариант с Hardella не стОит сбрасывать со счетов.