В документации предупреждают, что объёмный код в прерывания ставить нельзя - я не ставлю.
Там только чтение порта с энкодерами и инкремент счётчика импульсов энкодеров.
К тому же, прерывание сейчас раз в 100 мкс, я писал выше, что смогу, скорее всего, до 500 мкс сделать.
Я не всё проверил ещё. Того, что уже подсказали на данный момент достаточно, думаю, что МВЦ и модбас не в каждый цикл - это решение.
Если не получится, то тогда можно и код проекта выложить.
Спасибо.