Вообще-то по хорошему надо прочтать вот этот документ
http://www.owen.ru/uploads/rp_plc100...-plc154_25.pdf, уж как минимум страницы 69-71,тогда многое станет понятно, в том числе и то, что если настроить быстрые входы , как быстрые счетчики, то нужно в начале каждого цикла прочитать то, что насчитал счетчик в промежуточную переменную, потому что в по окончании цикла он сбросится. Поскольку в каждом конкретном цикле вы знаете, куда у вас крутится двигатель и что должно происходить с вашим счетчиком, вы это полученное значение будете учитывать в своем счетчике либо с плюсом, либо с минусом.