Возможно Вам поможет замечательная программа от Yegor Прога для копипаста узлов конфигурации http://www.owen.ru/forum/showthread.php?t=18269 позволяет перенести всю конфигурацию при смене таргета.
В проекте доноре и в новом проекте в кодесис делаете экспорт конфигурации в файлы, затем программа от Егора, затем делаете в новом проекте импорт отредактированной конфигурации.